Os javaporcos podem participar do ciclo epidemiológico de inúmeros patógenos que afetam a saúde humana e dos animais, incluindo os silvestres, domésticos e de produção. A invasão e o estabelecimento dessa espécie exótica pode ocasionar alterações dos ecossistemas o que, por sua vez, pode afetar o comportamento dos patógenos e aumentar a exposição aos seus vetores. Além disso, com a aproximação dos javaporcos ao ser humano e às outras espécies animais (silvestres, domésticas e de produção), aumenta o potencial de emergência ou reemergência de doenças de importância para a saúde única (humana, animal e ambiental). Muitas dessas doenças, são consideradas zoonoses, ou seja, representam risco tanto à saúde humana quanto à saúde animal. Outras delas, embora não apresentem risco à saúde humana, podem afetar a sanidade dos animais de produção. Portanto, possuem grande importância devido ao seu impacto econômico e comercial.